五常大米的歷史可以追溯到唐初渤海國時期（7世紀中葉），當時五常境內就有農民種植水稻。
清乾隆十年（1745年），清政府指派1000戶親族旗人到五常拉林地區屯墾戍邊。清道光十五年（1835年），吉林將軍富俊征集部分朝鮮人在五常一帶引河水種稻，所收獲稻子用石碾碾制成大米，封為貢米，專送京城，供皇室享用。咸豐四年（1854年），清政府在當地設立了“舉仁、由義、崇禮、尚智、誠信”五個甲社，以“三綱五常”中“仁、義、禮、智、信”五常為名，稱此地為五常，后又派旗官協領五常，設衙建堡，1909年設五常府，故五常大米素有“千年水稻，百年貢米”之譽。
新中國成立后，五常市水稻種植面積不斷擴大，單位產量不斷提高，水稻的栽培技術形成了特有的“五常模式”，并聞名省內外。
20世紀50年代，五常的水稻面積已經達到近10萬畝，并逐漸成為中國水稻生產第一縣。
20世紀90年代起，五常就培育了適合本區域種植的五優稻、松粳等系列的稻種，并采用了具有五常特色的一段超旱育苗及大棚旱育苗栽培技術。1993年，黑龍江省五常市龍鳳山鄉農業技術推廣站站長田永太在田里發現一株有12棵穗的稻子，用它作種子，種了十二壟稻子，當稻子快要成熟時，風吹稻田就會飄出撲鼻的香味，因此取名為“稻花香”，是百萬分之一變異的優良水稻種子。五常人田里種的水稻十有八九是田永太培育的“稻花香二號”。
2006年4月，水稻雜交之父袁隆平到哈爾濱五常市考察。
2013年，五常市申報了國家級農業綜合標準化示范市項目，并獲批準。
2014年，五常市申報了“五常大米”地理標志全國知名品牌創建示范區，2015年獲得國家質檢總局批準，全國知名品牌示范區具有排他性，五常成為全國大米類地理標志保護產品中唯一的品牌示范區。同年“五常大米”被中國地理標志大典收錄，國家質檢總局將五常大米與歐盟進行了地理標志產品標準互換，為五常大米進入歐美市場搭建了新平臺。
2018年12月07日，為進一步凈化五常大米營銷環境，保護消費者的合法權益，五常市市場監督管理局局長耿軍公布了《五常大米專項整治行動工作實施方案》》，五常市大米協會有關負責人宣讀了保護五常大米品牌倡議書。